„Chytrý web“ PredictONCO umí napovědět, jak léčit onkologická onemocnění
Výsledkem onkologického výzkumu nemusí být nutně pilulka. PredictONCO je webová stránka s funkcemi, které umožňují číst genetické informace v nádoru a doporučit, jaká léčba by na něj mohla fungovat. Vyvinula jej výzkumná skupina Davida Bednáře zapojená do Národního ústavu pro výzkum rakoviny (NÚVR). Tým působící na Přírodovědecké fakultě Masarykovy Univerzity v Brně při vývoji nástroje PredictONCO zkombinoval metody bioinformatiky a proteinového modelování s umělou inteligencí (AI).
PredictONCO napomáhá se stanovením individuálního léčebného plánu pomocí cílených protinádorových léčiv pro konkrétního pacienta – a to na základě analýzy mutací nalezených v nádorovém genomu pomocí sekvenačních metod.
„Často se stává, že je v nádoru odhaleno mnoho mutací v různých genech, o kterých nelze jednoznačně říci, zda jsou z hlediska biologie nádoru významné, či nikoli, popřípadě zda má smysl proti nim nasadit cílenou protinádorovou léčbu,“ naznačuje David Bednář. Proto se používají různé bioinformatické nástroje, které umí předpovědět, jak moc je daná mutace důležitá. Tyto systémy ale v současnosti stále nejsou dostatečně přesné a spolehlivé.
Bioinformatika a umělá inteligence vyhodnocují mutace genů
„PredictONCO ovšem využívá k předpovědi významnosti mutací metody bioinformatiky a proteinového modelování a kombinuje je se strojovým učením, tedy s metodami využívajícími umělou inteligenci. Díky tomu se výrazně zvyšuje přesnost těchto předpovědí, což dává naději, že lékaři budou moci navrhnout individualizované léčebné plány u většího počtu onkologických pacientů, než je tomu v současnosti,“ dodal Bednář.
Práce brněnského týmu podle vědeckého ředitele NÚVR Ondřeje Slabého ukazuje, jakých posunů lze dosáhnout, pokud se ve výzkumu podaří využít pro zpracování dat nástroje AI. „Při výzkumu, ale i v klinické praxi shromažďujeme obrovské množství dat, jejichž analýzou můžeme docházet k novým souvislostem, postupům a posouvat naše poznání. PredictONCO a možnosti jeho využití v klinické praxi jsou toho důkazem,” uvedl.
„Kolegové a kolegyně, kteří se věnují bioinformatice a učí umělou inteligenci, jak pracovat v náš prospěch, jsou nepochybně těmi, kdo formují budoucnost nejen onkologického výzkumu,” míní Slabý.
Národní ústav pro výzkum rakoviny financuje Evropská unie v rámci Národního plánu obnovy. Je jedním z pěti velkých výzkumných projektů programu podpory excelentního výzkumu v prioritních oblastech veřejného zájmu ve zdravotnictví EXCELES Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy ČR.
Zdroj a foto: Národní ústav pro výzkum rakoviny
